HelixFold3 的测试数据集与AF3对齐的问题

[JinyuanSun]

速度很快的工作，很强。核酸的预测是很重要的问题，我也是关注者之一。HelixFold3提供了开源可用的工具，同时大幅度超越了RF2NA和RFAA，确实很棒。我有如下问题：

1. 想问一下CASP15的RNA测试的过程中，HelixFold3推理了几次？
2. HelixFold3如何做的ranking？对RF2NA和RFAA，有多次采样重新排序么？
3. AF3的指标是来源于AF3 server预测的结构自行计算的lddt么？如果是的话有更换seed重新ranking么？
4. 另外RNA的recent pdb的测试数据集我观察到您们的效果也是很好的，但是我也有类似上面的疑问。

[RyanGarciaLI]

首先，感谢您对我们工作的关注和肯定！对于您关心的问题，我将一一解答：

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1. HelixFold3 在 CASP15 RNA 测试中的推理次数是多少？

我们在所有测试中遵从 AlphaFold 3 论文中的提到的方式。这一信息在我们的 report 的 Section 2 中有详细提及，您可以参考一下。

"Each sample is processed with 5 different random seeds, and diffusion inference is performed 5 times per seed with 200 sampling steps"

2. HelixFold3 是如何做 ranking 的？对于 RF2NA 和 RFAA的结果，有进行多次采样并重新排序吗？

HelixFold3 ranking 是基于 confidence score 进行的，包含 plddt, pAE, pTM, 这在我们的 report Section 2.4 中有指出。对于 RF2NA 和 RFAA 的结果，我们按照官方提供的推理代码进行样本测试，没有进行多次采样和重新排序，官方也没有提及重排的机制。

3&4. AF3 的指标是否来自 AF3 server 预测的结构自行计算的 lDDT？如果是的话，有更换 seed 重新排序吗？HelixFold3 在 recent-pdb-rna 是怎么做的呢？

casp15-RNA的结果来源是 AF3 paper， recent rna 的结果是基于 AF3 server 的 top-ranked 预测结果计算 lddt。而HelixFold3的结果也按照AF3的方式，即5x5模式，这个细节在我们 report 里有所提及。

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您提出的部分问题已经在我们的报告中细节解释，您可以仔细参考一下我们的 技术报告。我们也将会在近期更新报告，增加更多细节，欢迎你持续关注我们的进展！

谢谢你的提问和支持！